Het is nog steeds niet helemaal duidelijk hoe Mikao Usui tot zijn systeem is gekomen en hoe hij het heeft heeft overgedragen.
Usui werkte aan een systeem voor zelfverwerkelijking en spirituele groei. Zijn systeem was dus een heel duidelijk spirituele leer en geen healingsysteem,  de healing was een bij effect van de spirituele groei die je doormaakte;  het helen van jezelf. Het eindresultaat van zijn training was een toestand van verlichting, waarin je één werd met het universum, waarin je in vrede en harmonie met je omgeving kon leven, en waarin je totaal ongevoelig was voor verstoringen.  Zijn systeem heeft dus het zelfde resultaat als bijvoorbeeld Vipassana meditatie. Hij noemde dat systeem eenvoudig 'mijn systeem'. Zijn leerlingen noemden het daarom 'Usui Dô', dat 'het pad van Usui' of 'de manier van Usui' betekent. Usui gaf zijn leerlingen les in 'dôjô' wat trainingshal betekent. 
Waarschijnlijk heeft Mikao Usui gedurende een lange periode aan zijn systeem geknutseld, voornamelijk in de manier van overdracht en initiatie. We weten dat de beginvorm van initiatie een meditatievorm was welke ongeveer 24 uur duurde en Mikao Usui de ander in een bepaalde sfeer bracht. Niet de energie naar de leerling brengen, zoals nu, maar de leerling naar de energie. 
Later heeft hij zeven initiatiegraden gemaakt wat later drie graden met in totaal 7 initiaties is geworden.  

Men gaat er van uit dat Mikao Usui "De Usui Reiki Ryoho Gakkai" heeft opgericht toen hij in april 1922 het studie centrum in Harajaku opende, maar dit is onduidelijk. Eén verhaal zegt dat de Gakkai pas na zijn dood werd opgericht door de marine officiers Taketomi, Ushida, Hayashi en anderen. Ze zouden als eerbetoon aan Mikao Usui hem als eerste voorzitter benoemd hebben. 
Waarschijnlijker is het dat heeft Mikao Usui de Gakkai zelf opgericht in 1922 en dit later door anderen echt als organisatie neergezet is met bestuur, statuten, etc..

Na de IIe wereldoorlog werd de Gakkai-organisatie,  die voornamelijk uit marineofficiers bestond,  door de geallieerden verboden en ontbonden. Het is toen nog wel ondergronds doorgegaan maar het heeft er wel toe geleid dat veel leraren hun eigen weg gingen en een versnippering ontstond in de leer van Usui. Pas in de jaren 50 werd de Gakkai terug in het leven geroepen.